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  • #源代码#从GeneCards数据库批量抓取基因组织特异性信息

    对于基因的研究现在已经如火如荼的进行中,很多数据库都涉及到丰富的基因相关注释信息,例如基因功能,基因互作,基因相关疾病,基因相关的药物,基因序列,结构信息等等。 然而设计到基因组织分布的信息却非常缺乏。基因的组织特异性信息虽然用途不如上述信息广泛,但是在特定情况下可以发挥重...
    2016年09月21日 / 376 人围观 / 抢占沙发
  • SCI标配——基因调控网络关系图

    RNA-seq一直是二代测序技术中应用最广泛的技术,对应的RNA-seq分析涉及的图形也十分丰富。从最基础的“5’~3’随机性曲线”到比较复杂“基因调控网络图”,每种图形都含有其独一无二的意义。因此了解这些图形中包含的信息以及绘制方法,对于我们解读RNA-seq数据显得尤为重要。...
    2016年09月21日 / 628 人围观 / 抢占沙发
  • #软件工具#通过KEGG mapper搜索基因参与的通路

    KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是系统分析基因功能、基因组信息数据库,它有助于研究者把基因及表达信息作为一个整体网络进行研究。 该数据库提供的整合代谢途径包括碳水化合物、核苷、氨基酸等的代谢及有机物的生物降解,不仅有...
    2016年09月21日 / 324 人围观 / 抢占沙发
  • #软件工具类#大数据分析&机器学习算法--Weka

    Weka(Waikato Environment for Knowledge Analysis)是一款免费的,基于JAVA环境下开源的机器学习(machine learning)以及数据挖掘(data minining)软件。 Weka作为一个公开的数据挖掘工作平台,集合了...
    2016年08月31日 / 232 人围观 / 抢占沙发
  • R绘图基础|坐标中断(axis breaks)的画法

    在科研绘图过程中,不同样本组的数据值大小可能差别很大。为了使这些差别很大的数据较为美观地在一张图片中展示,我们可能会用到坐标轴中断的画法。 R当中的坐标中断一般都使用plotrix库中的axis.break(),gap.plot(),gap.barplot(),gap.bo...
    2016年08月04日 / 412 人围观 / 抢占沙发
  • #源代码#基于python脚本抓取dbSNP数据库中的突变信息

    SNPs(单核苷酸多态性)作为新一代遗传标记具有数量多、分布范围广、密度大等特点,已广泛应用于遗传学的研究中。 SNPs的检测一直是遗传学研究的一个热点,传统的方法有SSCP(单链构象多态)、DGGE(变性梯度凝胶电泳)、RFLP(限制性酶切片段多态)。 后期发展起来...
    2016年07月27日 / 339 人围观 / 抢占沙发
  • QQ plot图——评价你的统计模型是否合理

    QQ plot的全称是Quantile-Quantile Plot,即分位数-分位数图。这个图形的形式非常简单,有点类似RNA-seq中评价两个样本相关性的散点图(图1)。这类图形为什么那么相似呢?因为它们本质上就是做两组数据的比较,判断它们是否基本一致。以样本重复性散点图为例(...
    2016年07月12日 / 309 人围观 / 抢占沙发
  • 浅谈深度学习中潜藏的稀疏表达

    “王杨卢骆当时体,轻薄为文哂未休。 尔曹身与名俱灭,不废江河万古流。” — 唐 杜甫《戏为六绝句》(其二) 【不要为我为啥放这首在开头,千人千面千理解吧】 深度学习:概述和一孔之见 深度学习(DL),或说深度神经网络(DNN), 作为传统机器学习中神经网络(NN)...
    2016年07月11日 / 257 人围观 / 抢占沙发