在药物-靶点研究过程中,我们经常需要依赖于各种数据库进行药物和靶点信息的查询,浏览,下载等。

记录药物-靶点的数据库很多,包括drugbank,promiscuous,STITCH等。今天为大家介绍另一种研究药物靶点的数据库Super Target

网址http://bioinf-apache.charite.de/supertarget_v2

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数据库中共收录靶点6219个,化合物19万,药物靶点相关通路282个,药物靶点相关ontology6632个,supertarget最有价值的地方在于它还收录了大量CYP代谢酶的信息,在研究药物代谢,排泄,吸收,分布,转运过程中提供了重要作用。

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我们以aspirin阿司匹林这个药物为例,作为检索词,在数据库中共有11个药物与之匹配。我们点击drugs:11hits可以看到详细药物信息。

如下图所示

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可见左侧第一列为这11个与aspirin匹配的化合物,第二列为pubchem ID, 第三列为同义名,第四列是我们最关注的靶点信息。我们以第二个化合物为例,点击后面target的show,查看他的靶点信息。

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可以看到,对话框列出与之相关的全部靶蛋白信息,包括蛋白ID,参考文献,互作关系,以及各种实验指标,如IC50值等。

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上图为药物和靶点详细interaction互作关系,列出详细的药物和靶点的信息,如药物的ATC编码,副反应,同义名,靶点的多个平台ID,以及结构信息。

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除了药物和靶点的独立信息,数据库中还收录了大量与之相关的通路信息。如图所示,我们选择人类物种,进入凋亡通路,可以看到通路中所有标黄的蛋白为靶蛋白,点击任意靶蛋白

可以出现如图的对话框,包括作用于对应蛋白的药物名,药物结构等,通过下拉,可以浏览所有作用于这个蛋白的药物。

小结

Super Target作为一个药物靶点数据库,有几个独到的有价值之处,首先数据库中记录的化合物-靶点信息非常全面,既有化学结构信息,又有实验验证的信息。

另外除了药物靶点信息以外,还可以查询到药物的ATC编码,ATC毒副反应,而这些信息通常需要浏览其他不同数据库获得,例如ATC从drugbank数据库获得,副反应信息从SIDER数据库获得。

 


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