我叫林平之,是莫愁师姐的师弟,最近研究一个基因啦,想要看看有没有被什么MiRNA调控,但是预测了好多,经费有限,不能一百多个全都试吧……

莫愁:那就多预测一些咯……然后用韦恩图来取交集啦。

小林子:师姐,啥是韦恩图?

莫愁:文献里不是很多嘛,就类似这样:

QQ截图20160831114425

小林子:师姐,虽然我知道你大概要表达什么,但是这太像奥运会了好么……

莫愁:不要在意那些细节啦。首先,上Target Scan(http://www.targetscan.org/vert_71/)上搜一下,举个例子,搜个“TP53”,预测出可能有关的miRNA。

QQ截图20160831114503

接着,上Miranda(http://www.microrna.org/microrna/getGeneForm.do),也一样搜“TP53”,预测出可能相关的MiRNA。

QQ截图20160831114534

接着将两者输入到下面这个韦恩图制作的网站上(http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/):

QQ截图20160831114620

QQ截图20160831114630

求交集,就会形成这样的韦恩图:

QQ截图20160831114714

可以看到大概有十个miRNA是两个数据库能共同预测到的。

接着,再登一下DIANA(http://diana.imis.athena-innovation.gr/DianaTools/index.php?r=microT_CDS/index),也是一样,搜“TP53”,再预测相关的miRNA。

QQ截图20160831114800

继续求交集:

QQ截图20160831114827

三个数据库的交集,就只剩一个miRNA了。接着再登一下miRDB4.0(http://mirdb.org/miRDB/index.html),也是一样,还是搜“TP53”,再预测相关的miRNA。

QQ截图20160831114905

继续输入,再求交集:

QQ截图20160831114934

这几个数据库能搜到的交集的共有的这个miRNA,就是可以预测的,可能性最大的那个miRNA了。

…华丽丽的分割线…

李莫愁博士:韦恩图其实就是求交集而已,当然,除了预测miRNA,其实还能用在预测靶基因,预测启动子,随便啦,反正都是求交集就对了。好了,今天就策到这里吧。

 


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