上次LncRNA的麻烦解决没过几天,骨头这个小胖子又开始愁眉不展。问了一下原因原来是骨头的导师有一个miRNA和一个LncRNA的课题要结题了,可是实验还没有阳性Data,让骨头发挥主观能动性,找找有什么可做的方向,这可把骨头难为坏了。看在骨头这几天一直请本大侠吃复旦食堂,外加送了一大包凤梨酥的份上,果断策两个工具帮她交差。

开策之前先介绍数据库的开发者——北京大学崔庆华教授,这是一位从事非编码RNA领域的牛人,精通生物信息学实验,他构建的的有关非编码RNA的数据库在我硕士期间帮了大忙,今天就介绍给大家。

第一个数据库叫做LncRNA and Disease Database,链接如下:http://www.cuilab.cn/lncrnadisease。该数据库通过文本挖掘的方式,收录了1564条LncRNA与疾病的关系,占总LncRNA pool的15%,通过该数据库可以快速查阅已知的LncRNA生物学作用。

整个网站的设计非常友好,基本点点鼠标就能完成操作。进入主页后,点击图1-1中的Browse按钮即可进入浏览界面,既可以按照LncRNA搜索(图1-2),也可以按照疾病搜索(data not show)。1-3中的一大列即LncRNA,在此我们点击7SK,即可显示详细信息。如图1-4所示,上方列表中显示了所选LncRNA的名称、染色体位置、位于正链还是负链、物种、别名、Genebank链接和序列链接;下方列表中列出了LncRNA所关联的疾病名称、Dysfunction type、具体描述和文献的PMID号。这里需要详细解释一下Dysfunction type:Expression表示文献数据提示该LncRNA在该疾病中有表达变化,Mutation表示该LncRNA在疾病中存在碱基变化,Interaction表示该LncRNA与相关疾病分子存在作用,Locus表示该LncRNA与疾病相关基因有相同的基因座。

QQ截图20160921134911该网站另一强大的功能是对新的LncRNA进行功能预测,点击图2-1即可开始这一功能。使用者发现某一段DNA序列是新的LncRNA后,可在2中输入LncRNA名,3中输入所在染色体,4中输入起始位点和所在DNA链,点击5即可预测新的LncRNA功能。

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说完了怎么做LncRNA,再简单策一下怎么寻找miRNA与疾病线索。这里所使用的数据库是崔老师开发的HMDD v2.0,地址如下:http://www.cuilab.cn/hmdd。检索界面与lncRNADisease基本一样(图3),在这里就不多说了。大家进去点点一看就明白。

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最后再策两句。第一,不要指望着这个数据库能帮你发大文章,里面都是别人已经做过的东西;但是写标书、写综述或者写paper的discussion部分,这个工具可以提示你所研究的非编码之前别人做过什么,可以节省好多时间。第二,使用该数据库要看看最后的data更新时间,2013年6月后HMDD就没有再更新过,2015年6月后lncRNADisease就没有再更新过,所以这些日期之后的研究还是要老老实实看paper。

 


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