01

链接地址

植物入口:

http://plants.ensembl.org/index.html

动物入口:

http://www.ensembl.org/index.html  

02

点击“BioMart”进入

03

选择版本

植物的在下拉菜单中选择“Plant Mart”:

下载

动物的在下拉菜单中选择“Ensembl Genes 85”:

下载 (1)

04

选择物种

植物的在下拉菜单中选择物种:

下载

动物的也是在下拉菜单中选择物种:

下载 (1)

05

进入数据,选择相应信息:

下载 (3)

下载 (4)

下面将重点介绍Attributes的选择功能,该功能已经将各种基因的信息以及不同数据库中的基因信息,不同物种的基因信息等等,以复选框的形式提供,我们只需要从中勾选我们需要的结果信息,即可。该工具包含六个子选项:

下载 (5)

2)Structures,包括基因的位置信息,如所在染色体,起始-终止位置等,以及还有外显子的位置信息,编码位置信息等等;

下载 (6)

3)Homologues,包括三部分信息:该物种基因的信息;该物种基因与其他物种的同源基因对应,不同数据库对应;该物种的旁系同源基因信息等等;

下载 (7)

4)Variant(Germline),包括基因的信息以及该基因上的变异信息,变异来源以及变异效应,如移码突变等等;

下载 (8)

如下例部分结果:

下载 (3)

5)Variant(Somatic),该部分只包括基因的信息,体细胞突变信息还没有。

6)Sequences ,包括基因对应的序列可变剪切等以及基因的信息;

下载 (9)

下载 (6)

06

结果信息的查看与保存

1. 结果的查看

无论是根据基因的查询筛选还是选择选项得到的数据信息,均需要通过网页上方的按钮来实现展示:

下载 (11)

左上角的三个按钮:

new:表示重新打开一个页面,跳转到biomart-ensembl的界面,可以开始新的物种或者新的搜索;

Count:表示根据自己选择的选项,计算在该物种的数据中出现的数目,如基因的个数等等;

Result:表示在该页面直接展现我们筛选的结果,结果展示如下:

下载 (5)

2.结果的保存

点击数据上方的Go按钮,保存数据保存的数据格式可以在右侧的下拉菜单中选择,如下图所示。

下载 (7)

等弹出下载任务对话框后,选择保存路径,本地保存即可!

下载 (12)


 

文章转载自:http://www.aiweibang.com/yuedu/143636639.html