KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是系统分析基因功能、基因组信息数据库,它有助于研究者把基因及表达信息作为一个整体网络进行研究。

该数据库提供的整合代谢途径包括碳水化合物、核苷、氨基酸等的代谢及有机物的生物降解,不仅有了所有可能的代谢途径,而且对催化各步反应的酶进行 了全面的注解和链接(如PDB库的链接)等等。

在做完基础数据分析后,我们会得到一系列目标基因集合,通常我们会对基因关联的通路进行分析,如通路的富集分析,但通路的富集分析只能找出显著参与某条通路关联的基因。
无法得到基因在具体通路中的位置和上下游关系,KEGG为我们提供了对目标基因参与通路检索的方便,强大的KEGG数据库中有不少有用的工具

今天我们所要介绍的是KEGG mapper,一个能够将基因定位到通路中具体位置上的工具。

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http://www.kegg.jp/

操作过程:

1. 进入主页面后点击如图所示框中的“KEGG Mapper”选项

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2. Mapping tools中提供了三种类型的pathway选项,①. 只对基因集合所在的KEGG通路进行搜索;②. 对基因集合所在的KEGG通路进行搜索,并将输入的基因进行着色标注。

③.对选定的通路中目标基因进行着色(此选项是基于已经有感兴趣的通路,主要看参与感兴趣通路中的目标基因);本例以第二选项为例

3. 输入目标基因集合和需要标注的颜色

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4. 得到结果:所有与输入基因关联的KEGG通路就出现了。

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任意点击其中一条通路,目标基因所在通路的具体位置就清楚了

QQ截图20160921142355

同时也可以通过点击下图中的选项进行通路具体情况的描述:

QQ截图20160921142538

 


文章转载自:http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAwNjE0MDY3MQ==&mid=2650694206&idx=1&sn=b9db23fa0e34a4543afd7fdb29679061&scene=5&srcid=0822zwS889TN8TAvrIIjZqy5#rd