导读

2016年十月Brabasi实验室在Scientific Reports杂志上发表了一篇关于人类疾病module的组织特异性文章。这篇文章涉及多个层次上的interactome,包括PPI,调控,代谢通路和激酶底物,作者将这些interactome与基因在不同组织中表达数据以及致病基因相结合,建立疾病-组织相关性,并在此基础上构建了疾病-组织相关网络,进而研究人类疾病模块是否具有组织特异性。

 研究背景 

遗传疾病与人类细胞中携带的基因变异有关,然而临床表明遗传疾病通常具有高度的组织特异性。尽管一些致病基因只在某些特定的组织内表达,但致病基因的表达模式本身无法解释我们观察到的人类疾病的组织特异性。

 研究问题 

假设:一种疾病在体内特定组织中出现,相应的疾病模块则会在此特定组织中显著表达。在此前提下,作者研究了70种疾病中,疾病-组织相互作用组的表达模式。

 方法

首先将疾病相互基因与相互作用组数据整合到一个网络中,然后将基因表达数据映射到该网络中,再从网络中提取不同组织特异性的疾病模块,然后基于这些组织特异性模块构建组织-疾病二分网络,最后通过GO功能相似性对疾病模块进行过滤。

结果

在作者使用的70种疾病中,有35种疾病没发现在任何组织中有统计意义的疾病模块。在使用的64个组织中,29个组织未发现任何疾病与它们相关。这可能与相互作用组的不完备性以及已知致病基因数量有限的有关。
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更多细节,请见:http://www.nature.com/articles/srep35241

供稿:苏州系统医学研究所 刘伟博士                                     编辑:生信圈

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